甲子園大会出場校の不祥事による辞退は、２０００年までは少なくなかった。１９７０年代までは、野球部員以外の生徒による暴行などで球児が甲子園の夢を絶たれたことも。徐々に野球部の行為が問われるようになり、近年は連帯責任を問わず当事者を処分する流れとなっている。
夏の全国選手権大会では２００５年、明徳義塾（高知）が部員の喫煙、上級生の１年生に対する暴力が原因で開幕２日前に甲子園出場を辞退したのが直近の例だった。
０６年には駒大苫小牧（北海道）が春の選抜大会を辞退。複数の３年生部員が卒業式後に飲酒、喫煙で警察に補導されたことが原因だった。