ＪＲ四国は２日、台風６号の影響で同日午後７時ごろから瀬戸大橋線の運転を見合わせると発表した。本州と四国各地を結ぶ特急や快速が部分運休。ＪＲ西日本も３日始発から在来線の一部区間で終日運転を取りやめるとしている。
ＪＲ西によると、特急くろしおは和歌山県の白浜―新宮間を終日部分運休する方針。草津線柘植（三重）―貴生川（滋賀）間、和歌山線高田（奈良）―橋本（和歌山）間、関西線亀山（三重）―加茂（京都）間、和歌山県の紀勢線新宮―周参見間も終日運休する。
これとは別に滋賀県の湖西線一部区間と兵庫県の加古川線、兵庫、岡山両県の姫新線も始発から運転を見合わせる。