２１日午前、羽田空港などの管制システムにトラブルが発生し、同７時１５分から約１５分間、全便が出発できなくなった。国土交通省などによると、システムは復旧したものの各地の空港に影響してダイヤが大幅に乱れた。羽田出発便の飛行計画を各地の管制に送れなくなったとみられ、同省が原因を調べている。
午前１０時ごろの集計では、全日空は羽田発着便を中心に国内線３０便が、日航は５３便がそれぞれ欠航し、両社で計約１万４千人に影響が出た。羽田空港は搭乗を待つ乗客で混雑し、多くの人が欠航や遅延の表示が並ぶ電光掲示板を見上げていた。