２２日午前０時半ごろ、新潟県の東京電力柏崎刈羽原発６号機で、原子炉から制御棒を引き抜く作業中に異常を知らせる警報が鳴り、東電は作業を中断した。２１日夜の再稼働から約５時間２５分後で、出力を上げている途中だった。東電は２２日、原子炉を止めると発表した。同原発で記者会見した稲垣武之所長は「プラントを停止し徹底的に調査する必要があると判断した」と述べた。原子炉の状態は安定し、外部への影響はない。
稲垣所長は調査について「１日、２日で片が付くと思っていない。何日かかるか全く言えない」と述べた。
制御棒には燃料の核分裂を抑える役割がある。燃料の間に挿入された状態から引き抜き始めて原子炉を起動。徐々に引き抜き、核分裂反応を進めて原子炉の出力を高めていく。東電によると、６号機の制御棒は２０５本あり、うち１本について操作監視系の警報が鳴った。当時は５２本が完全に引き抜かれた状態で、追加で２６本を引き抜いているさなかだった。制御棒の操作盤の電気部品を交換しても、状況は改善しなかった。