ＪＲ東日本は７日、東急田園都市線の列車衝突脱線事故を受けた緊急点検で、上越線水上駅（群馬県みなかみ町）と高崎線熊谷駅（埼玉県熊谷市）の在来線計２カ所で、信号の設定ミスが見つかったと発表した。東急では信号ミスが原因だったため、国土交通省の指示で新幹線３４駅と在来線８６５駅を点検していた。
ＪＲ東によると、両駅とも、通常は停車しない線路の分岐器（ポイント）付近に予期せず止まった場合、進入してくる列車と接触する恐れがあった。当該箇所の使用を中止しており、１１月中には対策を終える予定。
京急電鉄も７日、京急川崎駅（川崎市）の１カ所で信号の設定ミスがあったと明らかにした。今後改修を進める。