２０日の大雨で被害が出た秋田県では２１日、秋田新幹線が始発から運休となり、利用客の混乱が続いた。県は住宅浸水や損壊の状況確認を進める。仙北市は同日午前、市内の桧木内川が氾濫したとして一部地区に出していた緊急安全確保を解除した。
ＪＲ東日本によると、秋田新幹線の上下線は盛岡―秋田間で区間運休となった。在来線も運休や運転見合わせが出た。
秋田駅の新幹線改札付近には状況を知らせる電光掲示板が設置された。仕事で仙台市に向かう予定だった秋田市の自営業成田裕樹さん（４６）は駅で運転見合わせを知り「秋田市は雨が強くないので大丈夫だと思った。車で行くしかない」と驚いた様子だった。