内閣府は、全国の公立小中学校などのＰＴＡでつくる公益社団法人「日本ＰＴＡ全国協議会」（東京都）の運営体制に疑義があるとして行政指導した。公益法人担当を兼務する三原じゅん子こども政策担当相が５日、記者会見で明らかにした。疑義の具体的な内容について「詳細は差し控える」とした。
全国協議会を巡っては、正常なガバナンス（組織統治）が機能していないなどとして、下部組織の退会が相次いでいる。
内閣府公益認定等委員会が９月に協議会を立ち入り検査。１０月１１日付で、運営に関する詳細な事実関係の報告を求める行政指導をした。三原氏は「報告の内容を踏まえ、適切に対応したい」と述べた。